Для исключения наиболее частого вида ВПС — дефекта межжелудочковой перегородки — необходима ее тщательная визуализация на всем протяжении. Трудности диагностики дефектов межжелудочковой перегородки чаще всего обусловлены их малыми размерами и особенностями положения плода во время исследования. Эхокардиографическая диагностика обширных дефектов основывается на выявлении в их структуре эхонегативной зоны, свидетельствующей о нарушении целостности перегородки. Обычно выявляются дефекты межжелудочковой перегородки размером более 4 мм, хотя в редких случаях возможна диагностика и более мелких дефектов. Во избежание диагностической ошибки необходимо определить наличие дефекта минимум в двух плоскостях, одна из которых должна проходить под прямым углом к перегородке. Наибольшие трудности вызывает диагностика трабекулярных дефектов межжелудочковой перегородки, локализующихся преимущественно в ее мышечной части и инфундибулярном отделе правого желудочка. Только тщательное изучение четырехкамерного среза сердца плода позволяет идентифицировать эти дефекты.